往古、【法隆山 圓乘寺】という真言宗の寺院でしたが、室町時代の文和3年(1354年)に“大覚大僧正妙実上人“の三備地方伝道廻国の砌、『日蓮宗』に改宗し、【漫延山 妙楽寺】と改称。“大覚大僧正”自ら中興開山となられました。
現在も神石高原町笹尾に勧請の【荒日山八幡宮】と【毘沙門天宮】の別当を兼ね、京都【村雲御所】(後に滋賀県近江八幡市の八幡山山頂【八幡山城】本丸跡に移転。【瑞龍寺】と称す。)より祈願道場として定められた歴史があります。
寛正5年(1464年)に出火し、諸堂を焼失。文化年間、第二十世“本良院日感上人”の時に本堂・客殿を造営し、第二十二世“理静院日惠上人”の発起で安政元年(1854年)より再興改築に着手。第二十三世“唯妙院日悟上人“の代に成就しました。
明治44年(1911年)に再び焼失しますが翌45年に再興。
第三十世“大光院日成上人”代の昭和6年(1931年)に諸堂大改修。ほぼ現在の本堂景観となります。
昭和17年(1941年)、太平洋戦争下の国家総動員法に基づく金属回収令により梵鐘・仏具等を強制供出。20年以上経った昭和38年(1963年)に釣鐘再鋳し鐘楼堂再建。合わせて本堂内荘厳具新調・正面石段整備を施工。
昭和56年(1981年)、本堂をはじめ諸建造物の屋根を修繕。
平成14年(2002年)、境内地周囲万年塀新造・駐車場造成等周辺整備。
令和元年(2019年)、玄関改装・バリアフリー設置。